(około 26 tys. numerów inwentarzowych)
Warszawskie zbiory bursztynu, ze względu na ich komplementarny charakter oraz zasobność, zaliczane są do największych kolekcji przyrodniczych bursztynu w świecie o szczególnych walorach poznawczych. Obok reprezentatywnych kolekcji odmian bursztynu bałtyckiego, kolekcji regionalnej sukcynitu i innych żywic kopalnych – najcenniejsze z naukowego punktu widzenia są bogate kolekcje inkluzji organicznych, zarówno roślinnych jak i zwierzęcych, zawierające liczne typy opisowe (holotypy). Duże znaczenie dla studiów badawczych ma także kolekcja form naturalnych (w tym pokaźny zbiór ponad 130 brył bursztynu o masie od 300 do 2050 g) oraz kolekcja wyrobów z bursztynu (od neolitycznych do współczesnych). Uzupełnieniem kolekcji dokumentacyjnych są materiałowe zbiory porównawcze zawierające m.in. różne żywice współczesne, imitacje bursztynu itp. Zgromadzone w MZ zbiory bursztynu, obok trudnej do przecenienia wartości naukowej, zawierają również bardzo liczne i bogate zespoły okazów o wybitnych walorach wystawienniczych, umożliwiających kompleksową wizualizację podstawowych problemów wiedzy o bursztynie i innych żywicach kopalnych.